Ministerstvo zdravotnictví řídí a za jeho činnost odpovídá ministr zdravotnictví, kterého jmenuje prezident SR na návrh předsedy vlády.
Současnou ministryní zdravotnictví je od 25. října 2023 Zuzana Dolinková.
Státní tajemník ministerstva zdravotnictví
Ministra zdravotnictví v době jeho nepřítomnosti zastupuje v rozsahu jeho práv a povinností státní tajemník. Ministr může státního tajemníka pověřit i v jiných případech. Státní tajemník má při zastupování ministra na jednání vlády poradní hlas. Státního tajemníka jmenuje a odvolává vláda na návrh ministra zdravotnictví. V odůvodněných případech může vláda stanovit, že na ministerstvu působí dva státní tajemníci – to je i případ ministerstva zdravotnictví. Ministr určí, ve kterých otázkách a v jakém pořadí ho státní tajemníci zastupují.