Po zániku Československa odjel v březnu 1939 na Slovensko, kde se stal přednostou veterinární služby Hlavního vojenského velitelství v Bratislavě. V září 1939 se zúčastnil válečného tažení slovenské armády proti Polsku ve funkci přednosty veterinární služby velitelství „Bernolák“.
Od konce září 1940 do srpna 1944 působil jako přednosta veterinární správy na Velitelství pozemního vojska v Banské Bystrici s krátkou přestávkou, kdy se v létě 1941 zúčastnil válečného tažení na východní frontě.
Tento post zastával v 2. Sboru pověřenců v září a říjnu 1944 a pak opět v 4. Sboru pověřenců v únoru až dubnu 1945 (pověřenec pro věci vojenské). Kromě toho působil v 7. Sboru pověřenců a 8. Sboru pověřenců v letech 1946–1948 na postu pověřence vnitra. 26. února 1948 podal demisi.[5] Jeho nástup na post pověřence vnitra hodnotil zpětně přední nekomunistický politik Ján Ursíny jako chybu, protože Ferjenčík podle něj „nebyl pevným člověkem, který by dokázal zabránit výstřelkům, které už tehdy orgány Státní bezpečnosti páchaly.“ Ač tedy v letech 1946-1948 neměli slovenští komunisté svého člověka v čele Pověřenectva vnitra, fakticky kontrolu nad tímto rezortem vykonávali i nadále. Ferjenčík podle Ursínyho udělal chybu, že ponechal na svých postech vedoucí představitele Státní bezpečnosti, po svém komunistickém předchůdci Júliovi Viktorymu si dokonce nechal i sekretářku. Na druhou stranu Ferjenčík odmítl snahu komunistů požádat o vydání mnoha exponentů Slovenského štátu ze zahraničního exilu. Gustávu Husákovi na tento požadavek sdělil, že o vydání je možné uvažovat jen u Ferdinanda Ďurčanského.[6]
Během únorového převratu roku 1948 nedokázal Ferjenčík vyvinout výraznější mocenský protitlak vůči komunistům. 24. února 1948 sice vydal pokyn okresním národním výborům, aby neustupovaly okresním Akčním výborům Národní fronty, ale ty jej ignorovaly. Ferjenčík pak 26. února doporučil, aby v případě hrozby násilí předsedové ONV ustoupili požadavkům AV NF. 28. února pak Slovenská národní rada přijala demisi pověřence Ferjenčíka.[10]
↑ČAPLOVIČ, Miloslav. FERJENČÍK Mikuláš. In: LÁNÍK, Jaroslav, a kol. Vojenské osobnosti československého odboje 1939-1945. Praha: Ministerstvo obrany České republiky-Agentura vojenských informací a služeb (AVIS), 2005. ISBN80-7278-233-9. S. 72–73. (slovensky)
↑Pekař, zpěvák, geolog či exministryně. Seznamte se s nováčky ve sněmovně [online]. Česká televize, ČT24, 2017-10-28 [cit. 2024-08-24]. Dostupné online.