Narodila se dne 7. července1745 v knížecí rodině Oettingen-Spielberg, byla nejmladší dcerou knížete Jana Aloise I. Oettingen-Spielberga (1707–1780) a jeho manželky Terezie, rozené princezny Šlesvicko-Holštýnské (1713–1745)[4]. V mládí často pobývala jak ve Švábsku, kde měli Oettingenové své malé rodové knížectví, tak i ve Vídni, se starší sestrou Marií Leopoldinou absolvovala od roku 1749 výchovu v klášteře ve Štrasburku.
Manželé poté střídavě pobývali ve Vídni a v Moravském Krumlově. Spolu měli sedm potomků, z nichž šest se dožilo dospělosti. Ti se stali zakladateli sekundogenitury Lichtenštejnů, která si za své sídlo zvolila právě zámek v Moravském Krumlově. Marie Eleonora v Krumlově iniciovala řadu přestaveb. Nejprve nechala upravit zámek tak, aby mohl sloužit jako sídlo sekundogenitury, a poté následovaly úpravy okolí – zasypání příkopů u zámku, opravení cesty k pivovaru, zpřístupnění zámecké kaplepoddaným.
Kromě toho nechala kněžna Marie Eleonora založit u kostela Všech svatýchrodovou hrobku (hlavní větev Lichtejštejnů měla a doposud má svou rodovou hrobku ve Vranově u Brna). Moravskokrumlovská hrobka byla vystavěna po smrti Karla Boromejského a u vstupu se nachází dvojice erbů – na levé straně erb Lichtenštejnů a na pravé straně erb Oettingen-Spielbergů. Hrobka byla využívána až do roku 1908, kdy zemřel poslední příslušník moravskokrumlovské větve Lichtenštejnů.
V 60. letech 18. století měla kněžna milostný románek s generálemjízdyhrabětemKarlem O'Donnellem, původem z Irska. Marie Eleonora byla v té době nejspíše velmi vyčerpána každodenním životem. Svého milence prý navštěvovala i na jeho panstvích na Moravě. V roce 1771 však O'Donnell zemřel a kněžna se znovu začala více věnovat dětem.
Vztah k císaři Josefu II.
Marie Eleonora patřila mezi pětici kněžen, se kterými udržoval císařJosef II. přátelské kontakty. Ty se často scházely na zámkuSchönbrunn či na Hofburgu. Zde s nimi často večeřel císař, který s nimi i rád debatoval. Dne 17. srpna1762 císař při své cestě do Ruska navštívil Moravský Krumlov, což byla pro knížecí rodinu i pro měšťanstvo velká pocta. Po smrti své matky Marie Terezie se císař do Marie Eleonory zamiloval. Ta tím byla vyvedena z míry a odcestovala z Vídně do Krumlova. Císař jí sice posílal milostné dopisy, ale kněžna se rozhodla návrhy císaře odmítat. Její manžel Karel Boromej Josef z Lichtenštejna zemřel roku 1789 a v následujícím roce 1790 zemřel také císař Josef II.
Její mladší sestra Marie Leopoldina (1741–1795) byla manželkou diplomata a dvořana Arnošta Kryštofa Kounice (1737–1797) z knížecí linie moravského rodu Kouniců.