Kostel byl vybudován v letech 1285 až 1379 na místě stejnojmenného staršího kostela, připomínaného již k roku 1228, který byl nejspíš současně s výstavbou nového chrámu postupně bořen. Výstavba probíhala v rámci budování nového klášterařádu augustiniánů, které v roce 1285 pozval do PrahyčeskýkrálVáclav II. Presbytář s hlavním oltářem byl vysvěcen roku 1315. Z této stavby se dochovaly jen úseky zdiva po severní straně, sakristie s fragmenty gotických fresek a kaple sv. Doroty na jižní straně. Teprve po dostavbě trojlodí 17. dubna1379vysvětilpapežský legát a kardinálPileus de Prata celou baziliku a stavební práce pokračovaly ještě do roku 1405.
V červnu1420 byl kostel husity vypálen, v roce 1503 jej zasáhl požár domů z Malostranského rynku a zásadně vyhořel v roce 1541 při velkém požáru Malé Strany a Hradčan. Zhruba v polovině 16. století začaly opravy stavby v renesančním slohu za účasti italského stavitele Bernarda di Alberto († 1590) a po jeho smrti pravděpodobně architekta Dominika de Barifis. 29. prosince1593 se uskutečnilo jeho znovuvysvěcení, práce byly ukončeny až roku 1613.
V letech 1727 až 1731 proběhla přestavba kostela bez zásahu do jeho dispozičního řešení, v hlavní lodi byly původní klenby nahrazeny tzv. českými plackami, zazděna okna pětibokého chóru a v lodi původní velká okna nahrazena menšími kasulového tvaru, takže interiér potemněl.
V jádru gotický trojlodní chrám stojí v jihozápadním nároží komplexu budov kláštera. Při severní lodí má štíhlou hranolovou věž krytou jehlancovou střechou, osová věž nad jižní lodí nikdy nebyla postavena, není objasněno proč. Původní zdivo chrámu je překryto bohatě členěnou štukovou kulisou architektury Kiliána Ignáce Dientzenhofera s kupolí nad chórem. Mezilodní arkády mají segmentové záklenky, stejně jako empory, dvě oratoře v chóru jsou zasklené. Hlavní průčelí kostela navrhl roku 1854 Jan Ripota.
Nejvýznamnější český malíř raného baroka, Karel Škréta, je autorem dvou obrazů Nanebevzetí Panny Marie a Nejsvětější Trojice (kolem roku 1644). Ty jsou umístěné na dalších dvou proti sobě v kněžišti stojících oltářích, v místě pod kupolí. Ze stejného Škrétova období je i obraz Očišťování Panny Marie (kolem roku 1645) umístěný v sakristii, zatímco jeho zdejší asi nejvýznamnější dílo, sv. Tomáš z Villanovy (1671) na prvním oltáři vpravo po vstupu do chrámu pochází již z umělcova pozdního období.
Sochy nad hlavním (sv. Augustin) a bočním (sv. Tomáš) vchodem do kostela jsou dílem Jeronýma Kohla z roku 1728.
Ondřej Filip Quitainer (a dílna) vytvořil podle návrhu Jana Jiřího Heinsche sochy sv. Augustina, Vojtěcha, Víta a Václava na oltářích sv. Rodiny a sv. Jana Nepomuckého v levé boční lodi.[4] Ty původně sloužily jako modely pro ze stříbraodlévané sochy pro hlavní oltář. Díky materiálu velmi drahé sochy byly o několik let později roztaveny a nahrazeny levnějšími postříbřenými dřevěnými, díly Ferdinanda Maxmiliána Brokoffa (sv. Augustin, Monika a Ludmila) a jeho žáka Ignáce Millera (Vojtěch, Vít a Václav). Ostatní řezbářské práce na hl. oltáři jsou dílem Quitainerova syna Jana Antonína, který je autorem bohatě zdobené kazatelny. Z jeho dílny pochází i další sochy na oltářích sv. Rocha a sv. Mikuláše Tolentinského.
Na oltáři Všech svatých vlevo při vstupu do kostela jsou dvě raně barokní sochy, sv. Rocha a Šebestiána, od Jana Jiřího Bendla. Obraz je dílem Jana Ongherse z doby kolem roku 1720.
V kapli sv. Doroty vpravo vedle chóru je instalován dřevěný gotický krucifix.
Další díla
Významné řezbářské práce: 17 oltářních architektur (z nich hlavní oltář navrhl Dientzenhofer), kazatelna, čela a postranice chrámových lavic mají vrcholně barokní rostlinné reliéfy ze 20. let 18. století, jednoduché vysoké lavice z roku 1616 patřily laickému bratrstvu Božího Těla; jsou umístěné na zpěvácké kruchtě.
↑Poche (1958); Nová encyklopedie českého výtvarného umění, Academia, Praha 1995
↑Faix, William Stanislav a Mareš, Karel, Kostel a klášter sv. Tomáše, augustiniáni na Malé Straně v Praze. Praha Onyx, 2003, s. 31-60, ISBN 80-85228-97-1
Literatura
EKERT, František. Posvátná místa král. hl. m. Prahy. Praha: Dědictví svatojanské, 1883. 478 s. S. 223–259.
POCHE, Emanuel. Prahou krok za krokem. Praha: Orbis, 1958. 268 s. S. 159–161.
ŠPERLING, Ivan. Obnova interiéru kostela sv. Tomáše v Praze. In: BUŘÍVAL, Zdislav. Staletá Praha IV : sborník Pražského střediska státní památkové péče a ochrany přírody. Praha: Orbis, 1969. S. 75–84.
VLČEK, Pavel, a kol. Umělecké památky Prahy. Malá Strana. Praha: Academia, 1999. 686 s. ISBN80-200-0771-7. S. 100–110.