Interiéru dominují tři mohutné dřevěné oltáře. Ty vyřezal v letech 1701–1706 sochař Jeroným Kohl se svým žákem Františkem Preissem. Autorem konstrukce byl Marek Nonnenmacher a obrazy namaloval Jan Jiří Schummer. Na konci 19. století byl kostel opraven pod vedením Josefa Mockera a počátkem 20. stol. Kamila Hilberta. U hlavního oltáře se v té době uvažovalo o jeho barevném nátěru, nakonec ale zůstal v původní podobě. Hlavní oltář Narození Páně uprostřed je ve stylu konzervativnějšího baroka, dva postranní patří mezi vůbec první akantové oltáře. Všechny tři jsou prací truhláře Marka Nonnenmachera. Řezba je vyvedena do impozantních detailů, obsahuje mnoho světců a biblických postav, andělů a barokního dekoru.
Dvě z vysokých gotickýchvitráží s náboženskými motivy byly darovány místními občany z počátku 20. století, ostatní vitráže mají decentní, nefigurativní výplň.
Věž
Věž chrámu je 60 m vysoká, stavebním materiálem je pískovec. Počet schodů ve schodišťové vížce a uvnitř věže je dohromady asi 180. Ve věži je klenotnice (nepřístupná), kde bývaly umístěny významné městské listiny. Nad touto místností je veřejnosti přístupná část věže, kde visí pět zvonů. Na úrovni ochozu je byt hlásného, kde je možné si prohlédnout část starého kašírovaného betlému.
Duchovní správcové
Duchovními správci byli například:
1807–1859 Antonín Pankrác (1782–1859, oblíbená osobnost náboženského i společenského života města, čestné měšťanství v Lounech – titul slavnostně udělen 25. dubna 1841)[3]
↑ Město Louny. www.mulouny.cz [online]. [cit. 2012-06-04]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2013-06-12.
↑Návštěvnost památek v krajích ČR v roce 2015–2017 [PDF online]. Národní informační a poradenské středisko pro kulturu [cit. 2020-03-11]. S. 26. Dostupné v archivu.
MAVR, Jan. Tři století epigrafiky v kostele sv. Mikáláše v Lounech (16. – 18. století). Louny: Oblastní muzeum v Lounech, 2023. 164 s. ISBN978-80-905891-9-3, ISBN978-80-7561-430-8.