Benediktinský klášter se slovanskou liturgií (odtud „Na Slovanech“) založil císař Karel IV. v roce 1347 a uvedl do Prahy chorvatské mnichy (zvané hlaholáše či glagolity) z opatství Tkon na ostrově Pašman u Zadaru. Roku 1372 byl současný kostel vysvěcen za účasti císaře, mladého Václava IV. a mnoha dalších hodnostářů. Stalo se to na Pondělí Velikonoční, kdy se čte evangelium o Ježíšově cestě do Emaus, odtud pochází označení Emauzy. Halový kostel s mohutnou střechou a štíhlým sanktusníkem byl jednou z dominant tehdejší Prahy.
Španělští mniši
Roku 1636 přišli do kláštera španělští mniši z montserratského kláštera. Ti v roce 1640 nahradili původní širokou polovalbovou střechu s velkým štítem trojdílnou střechou, přestavěli západní konec lodi a přistavěli dvě věže. Průčelí s věžemi bylo dokončeno v letech 1712 až 1723 pořízen nový hlavní oltář.
Od roku 1919 klášter převzali čeští benediktini. Při spojeneckém bombardování 14. února 1945 byl kostel i klášter těžce poškozen. Klenba kostela i obě věže se zřítily a také klášterní budova s gotickými freskami v křížové chodbě byla silně poškozena. Rekonstrukci komplikovala dlouhá diskuse o tom, která z historických podob kostela má být obnovena. Opravy se táhly až do roku 1968, kdy bylo západní průčelí nahrazeno betonovými křídly podle návrhu F. M. Černého. Tento neobvyklý tvar připomíná jak dvě barokní věže, v roce 1890 novogoticky upravené, tak také vysoký štít předchozí středověké střechy bez věží, jak je zachycen na starších vedutách Prahy.[3]
Po roce 1989
Roku 1991 byla obnovena malá komunita benediktinů, která kostel spravuje.
Popis
Trojlodníhalový kostel s trojím polygonálním závěrem, vnějšími opěráky a moderním betonovým západním průčelím. Boční lodi mají stejnou výšku, ale jsou výrazně užší než loď hlavní. Mají sedm polí křížových kleneb, presbytář není oddělen vítězným obloukem ani stupněm v podlaze. Žebra klenby vybíhají přímo z osmibokých sloupů bez hlavic, kdežto v presbytáři sbíhají jako pruty až k podlaze. Zařízení bylo téměř úplně zničeno, takže prostor působí strohou monumentalitou. V kostele je několik zajímavých náhrobků ze 16.–18. století.[4]
R. Baťková a kol., Umělecké památky Prahy. Nové Město a Vyšehrad . Praha: Academia 1998, ISBN80-200-0627-3.
BENEŠOVSKÁ, Klára. Emauzy. Benediktinský klášter Ma Slovanech s kostelem P. Marie, sv. Jeronýma, Cyrila a Metoděje, Vojtěcha a Prokopa. In: PLATOVSKÁ, Marie. Slavné stavby Prahy 2. Praha: Foibos Books, 2011. ISBN978-80-87073-35-3. S. 50–55.