Kostel se skládá ze tří lodí a apsid. Oltářní obraz vyrobil navarrský umělec Juan de Alí z polychromovaného dřeva na počátku 17. století. Kaple po obvodu kostela obsahují umělecká díla z různých období:
Křížová chodba je tvořena oblouky a dvojitými sloupy s propracovanými hlavicemi (38 celkem, 18 originálních a ostatní z 19. století), zachycující život Ježíše a další scény alegorického a historického charakteru. Na východní straně je několik kaplí:
Kaple svaté Anny a svatého Josefa (13. století). V současné době je uzavřena.
Kaple svatého Benedikta (13. století)
Kaple svatého Bartoloměje a královský pantheon. Byla to kapitulní síň kláštera a leží zde Alfonso I. a jeho bratr.
Staré cely mnichů (nachází se na západní straně kláštera) dnes uchovávají různé cenné klášterní artefakty (šperky, malé sochy, atd.).
