Narodil se ve staré původně české rodině, která si v meziválečném období zvolila německou národnost a po druhé světové válce ztratila veškerý majetek v Československu a musela se vystěhovat. Rodiči Karla-Eugena byl Rudolf Czernin (1924–2004) a jeho manželka Lucia, roz. Hauser (1929–1970). Má sestru Caroline, provd. Laussner (* 1959).
Vystudoval lesní inženýrství ve Vídni. Po určitou dobu žil v Argentině, kde se živil jako obchodník s dobytkem.[3] Od otce získal část peněz za prodanou czerninskou obrazovou galerii.[3] Peníze investoval v roce 1981 do koupě lesního pozemku s golfovým hřištěm, který nechal na přelomu 19. a 20. století vybudovat baron Rotschild, a starého domu v Enzesfeldu,[4] který se nachází přibližně 30 km jihozápadně od Vídně.
Poprvé navštívil Česko krátce po sametové revoluci.[5] Jeho otec se snažil zrestituovat majetek jindřichohradecké větve.[6][pozn. 1] Jako dědictví po matce se snaží restituovat statky Štěpánovice a Velichov. Proces je veden nejen u českých soudů, ale i u Evropského soudu ve Štrasburku.[7] V roce 2009 koupil od Plzeňského Prazdroje zámek Lázeň v Chudenicích za symbolickou jednu korunu.[7] Zchátralý zámek a park obnovuje.
Rodina
Ve Vídni se 25. dubna 1985 oženil s Fionou hraběnkou von Rechberg und Rothenlöwen (* 8. března 1958 Mnichov), dcerou Friedricha Ernesta von Rechberg und Rothenlöwen a Rose-Marie svobodné paní Saurma von der Jeltsch), dámou Řádu hvězdového kříže. Narodilo se jim osm dětí:[2]
