V roce 1904 se stal předsedou poslaneckého klubu českých agrárníků. Na českém zemském sněmu působil v roce 1903 a 1906 jako předseda české sekce zemské školské rady.[7] Mandát poslance Říšské rady obhájil ve volbách roku 1907, konaných již podle rovného volebního práva, tedy bez kurií. Zvolen byl za obvod Čechy 047 a v parlamentu usedl do poslaneckého Klubu českých agrárníků. Za stejný obvod uspěl i ve volbách roku 1911. Ve vídeňském parlamentu setrval až do zániku monarchie.[8]
Zatímco předsedou agrární strany byl od jejího vzniku Stanislav Kubr, historik Otto Urban uvádí již počátkem 20. století Karla Práška coby faktického vůdce této politické formace.[9] Již tehdy ale v rámci strany reprezentoval konzervativní, statkářské křídlo. V roce 1905 se ovšem strana rozhodla podpořit volební reformu včetně rovného a všeobecného volebního práva. Práška tehdy poprvé zatlačil do pozadí Antonín Švehla, otevřenější demokratickým myšlenkám. Krátkodobě dokonce Prášek stranu opustil, ale brzy se do ní vrátil.[10]
Vrchol jeho politické kariéry za Rakouska-Uherska nastal, když se za vlády Maxe Becka stal českým ministrem-krajanem. Funkci zastával v období 9. listopadu1907 – 15. listopadu1908.[11] Jeho nástup do vlády byl součástí širší rekonstrukce kabinetu se zohledněním výsledků voleb do Říšské rady roku 1907, v nichž čeští agrárníci výrazně uspěli. Historik Otto Urban si všímá paradoxu, kdy představitel konzervativního křídla strany získává vládní funkci díky jím odmítané volební reformě.[12]
V tomto období dosáhl Prášek největšího vlivu a bohatství; v roce 1910 zakoupil v Košeticích bývalý velkostatek baronů ze Stangleru, i se zámkem, který nechal opravit v secesním slohu.
Na přelomu let 1923/1924 otřásla politickou scénou úplatkářská aféra, tzv. Lihová aféra (též Aféra lihovarnických peněz), do níž byli zapleteni vysocí státní úředníci a sám předseda senátu.[17] Karel Prášek jako předseda Družstva hospodářských lihovarů a správce lihovarnického dispozičního fondu zneužil asi 30 milionů korun, z nichž 3 miliony prokazatelně použil k uplacení komunistického odborářského předáka a vedení kina, které patřilo národně-socialistickým odborům.[17] Osud zbylých milionů nebyl schopen uspokojivě vysvětlit (údajně je použil na různé „sanační účely“) a panovalo všeobecné mínění, že i tyto peníze byly použity k úplatkům.[17] Současně byly vyneseny na světlo (pravděpodobně přičiněním lidí okolo Masaryka) některé dokumenty vídeňského válečného archivu, které dokládaly, že za světové války udával rakouské policii české vlastence.
Prášek se bránil poukazováním na to, že své „dispoziční fondy“ mají mnozí jiní politici a ústavní činitelé, ovšem konkrétní důkazy jejich zneužití nemohl předložit. List Přítomnost nazval aféru „nejošklivějším vředem, který během 5 let samostatnosti zohyzdil náš politický život“[18] a skutečnost, že špička korupčního ledovce zasahovala mezi nejvyšší ústavní činitele přiměla zasáhnout i prezidenta Masaryka: nepozval Práška k novoroční audienci na Hradě a při jiném oficiálním setkání mu demonstrativně nepodal ruku.[19] Podobně pocítil prezidentovu nemilost i národně-socialistický ministr pošt Alois Tučný, jenž byl současně předsedou odborů, které od Práška přijaly peníze na provoz kina. Tučný byl v únoru donucen k demisi.
V červnu 1924 pak Národní shromáždění přijalo tzv. Zákon o inkompatibilitě (č. 144/1924 Sb.), který stanovil, co je neslučitelné s členstvím v Národním shromáždění. Jmenovitě §8 zakazoval předsedům poslanecké sněmovny resp. senátu, být členem představenstva anebo správní rady výdělečných společností. Zákonu se posměšně říkalo Lex Prášek a byl ústavními činiteli první republiky často porušován.
Vyloučení ze strany a založení agrární a konzervativní strany
Předseda strany Antonín Švehla využil situaci k tomu, aby se Práška definitivně zbavil, nejprve (v únoru 1924) ho donutil rezignovat na funkci předsedy senátu a posléze ho nechal v dubnu 1925 zbavit senátorskéhomandátu (místo něj jako náhradník nastoupil Josef Sechtr) a vyloučit ze strany (1925).[16]
↑NASKE, Miloslav. Národní shromáždění Republiky Československé: Poslanecká sněmovna, Senát, Národní výbor, Revoluční národní shromáždění. Životopisná a statistická příručka.... [s.l.]: Šmejc a spol., 1924. 247 s. Dostupné online.
↑svk7.svkkl.cz [online]. [cit. 2013-12-29]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2013-12-30.
↑ Archivovaná kopie. www.libri.cz [online]. [cit. 2013-12-29]. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2016-03-05.
KÁRNÍK, Zdeněk. České země v éře První republiky (1918–1938). Díl první. Vznik, budování a zlatá léta republiky (1918–1929). Praha: Libri, 2000. 571 s. ISBN80-7277-027-6.
KUBAČÁK, Antonín. Ministerstvo zemědělství v letech 1918–1948: osudy úřadu a jeho ministrů. Praha: Ministerstvo zemědělství ČR, 2005. 126 s. ISBN80-7084-463-9. Kapitola Karel Prášek, s. 48–54.