V padesátých letech jí hrozil zánik při přestavbě letenského nábřeží a předmostí Čechova mostu (v souvislosti s výstavbou obřího Stalinova pomníku). Profesor Dr. Ing. Stanislav Bechyně však objevil způsob její záchrany přesunutím o 31 m dále směrem proti proudu Vltavy, což bylo provedeno 3. a 4. února1956. Po svém přesunu byla kaple položena na masivní podstavec obložený kameny a opatřena novou střechou. Do jejích šesti oken byly zasazeny vitrážeAleny Novotné-Gutfreundové zobrazující osudy kaple v různých dobách její existence (vinobraní, odpočinek vorařů, pobyt Švédů v Praze, stavba Čechova mostu, vyztužování zdiva před přesunem, přesun).