Po vzniku republiky se Sobotka vrátil do Prahy budovat československé ministerstvo vnitra. Na ministerstvu pracoval od roku 1919 jako sekční rada a od roku 1926 jako prezidiální šéf. Sobotka byl považován za národnostně a politicky neutrálního úředníka; v letech 1936 a 1937 byl proto aktivistickými sudetoněmeckými politiky navrhován jako vhodný kandidát na ministra vnitra (na místo agrárníka Josefa Černého). V letech 1933–1939 Sobotka zastával úřad zemského prezidenta v zemi České.[3][2]