Narodil se ve vesničce Ožkabaliai v rodině farmářů Jurgise Basanavičiuse (1802–1879) a Maré roz. Birštonaité (1826–1890).
Základní školu navštěvoval v Lukšiai. Ve studiu pokračoval na gymnáziu v Marijampolé a následně na Imperátorské moskevské univerzitě, kde studoval historii a filologii. Po dvou semestrech však přešel na medicinu..
V roce 1880 se stal vedoucím nemocnice v bulharskémLom Palanka. V květnu roku 1882 opustil Bulharsko a začal cestovat. Nakonec se usadil v Praze. Napsal zde předmluvu k prvnímu číslu měsíčníku Aušra. V Praze potkal také svoji budoucí ženu, Sudetskou Němku Gabrielu Eleonoru Mohlovou. Vzali se v květnu 1884 a ihned po svatbě se přestěhovali do Bulharska.
Památníky a ulice
V letech 1883–1884 žil Basanavičius v Praze. Toto období jeho života připomíná pamětní deska na domě čp. 529 v Balbínově ulici v pražských Vinohradech.[1]
↑BASANAVIČIUS Jonas Dr. – Na domě čp.529 v Balbínově ulici 1 Praha 2 Vinohrady – Pamětní desky v Praze [online]. 2020-09-20 [cit. 2025-01-08]. Dostupné online.