Císař Leopold I. jmenoval Jana Františka Kryštofa z Talmberka za nástupce královéhradeckého biskupa Jana Bedřicha z Valdštejna, jenž se stal arcibiskupem pražským a metropolitou českým. Potvrzení od papeže Inocence XI. proběhlo 19. října 1676 a biskupské svěcení přijal 3. ledna 1677 ve svatovítském chrámu v Praze z rukou svého předchůdce. Jelikož v té době v Hradci Králové dosud neexistovala důstojná biskupská rezidence, nový biskup Jan F. K. z Talmberka se do Hradce Králové přestěhoval až na naléhání papeže 23. října 1677.
I přes velmi omezené finanční možnosti biskupství podařilo se Talmberkovi přestavět někdejší dům rodu Gallasů na biskupskou rezidenci. V roce 1686 se však neúspěšně pokusil přenést svou rezidenci do starého purkrabství a starého zámku. Rovněž nebylo možno zřídit kněžský seminář ani obydlí pro duchovní správu katedrály, neboť královéhradečtí radní se nehodlali vzdát svých privilegií. I přesto se Talmberkovi podařilo vytvořit správu diecéze a své biskupství poprvé navštívit.