I když byl rozsáhlý majetek Thun-Hohensteinů v 17. století rozdělen na tři majorátni fideikomisy (Klášterec nad Ohří, Děčín, Choltice) pro tři rodové linie, úmrtím několika bezdětných členů rodu došlo k situaci, že Jan František Josef na sklonku svého krátkého života soustředil všechen český majetek ve svém vlastnictví. Děčín a Klášterec zdědil v roce 1701 po otci, po bratranci Romediu Janovi pak v roce 1719 převzal i Choltice.
Donátor
Jan František Josef byl donátorem sousoší sv. Jana z Mathy, Felixe z Valois a Ivana, které pro Karlův most vysochal v roce 1714 Ferdinand Maxmilián Brokoff.
Rodina
Jan František Josef se 4. listopadu 1708 v Salcburku oženil s hraběnkou Marií Filipou Josefou z Harrachu (9. ledna 1693, Vídeň – 2. dubna 1763, Praha), dcerou hraběte Aloise Tomáše Rajmunda z Harrachu (1669 – 1742) a jeho první manželky, hraběnky Marie Barbory ze Šternberka († 1694/95).[1] Manželka ho přežila o 43 let. Manželé měli dvě děti:[2][3][4]
Johann Gottfried Hoche. Vollständige Geschichte der Grafschaft Hohenstein, der Herrschaften Lohra und Klettenberg, Heeringen, Kelbra, Scharzfeld, Lutterberg, der beiden Stifter Ilfeld und Walkenried: nebst einer statistischen Beschreibung des Preußischen Antheils an dieser Grafschaft. Ein Anhang zur Brandenburgischen, Braunschweigischen, Stollbergischen, Schwarzburgischen und Witgensteinischen Geschichte. [s.l.]: Francke und Bispink, 1790. Dostupné online.Je zde použita šablona {{Cite book}} označená jako k „pouze dočasnému použití“.
Almanach de Gotha, Thun und Hohenstein. Justus Perthes, 1944, s. 539.
Europäische Stammtafeln, J.A. Stargardt Verlag, Marburg, Schwennicke, Detlev (Ed.). 5:32