Jakub Portugalský studoval ve Flandrech a 23. března 1453 byl jmenován arraským biskupem. Na radu své tety odcestoval do Říma, kde se papež Mikuláš V., když se doslechl o hanbě, která byla uvalena na jeho rodinu po Alfarrobeiře, rozhodl jmenovat mladého Jakuba novým lisabonským arcibiskupem. Vzhledem k politické situaci v Portugalsku se Jakub nemohl vrátit do Lisabonu, aby funkci převzal, takže zůstal v Itálii a řídil svou arcidiecézi z dálky prostřednictvím generálního vikáře Luíse Anese.