Po studiích na gymnasiích v Jičíně, Praze a Příbrami pokračoval na universitách v Praze, Halle a Berlíně. Když získal aprobaci, začal učit. Nejdříve na středních školách v Praze, pak v Zábřehu a když dosáhl doktorátu filozofie, stal se docentem fytopathologie na české technice v Praze. V roce 1900 začal vydávat Zprávy o chorobách kulturních rostlin v Čechách. Roku 1903 byl jmenován profesorem na Královské české akademii hospodářské v Táboře, kde založil velkou botanickou zahradu a fytopatologickou stanici pro choroby rostlin a začal každoročně vydávat zprávy v němčině. Botanickou zahradu v Táboře přebudoval a použil zde vlastní koncepci, která se v podstatě zachovala dodnes.
Od roku 1919 byl František Bubák jmenován profesorem botaniky a fytopathologie na nově zřízenou Vysokou zemědělskou školu v Brně, zároveň i prvním tamním rektorem. O rok později se stal profesorem fytopathologie na Vysoké škole zemědělství a lesního inženýrství při české technice (ČVUT) v Praze. Vykonal řadu vědeckých cest na Balkán.[2] Zaobíral se neustále studiem hub a rostlinných chorob. Uveřejnil velké množství odborných článků v různých časopisech, sbornících a to nejen v ČSR, sestavil odborné publikace a velký mykologický herbář, který se stal později majetkem musea botanické zahrady v Brooklynu.
Osobnosti - Česko : Ottův slovník. Praha: Ottovo nakladatelství, 2008. 823 s. ISBN978-80-7360-796-8. S. 80.
TOMEŠ, Josef, a kol. Český biografický slovník XX. století : I. díl : A–J. Praha ; Litomyšl: Paseka ; Petr Meissner, 1999. 634 s. ISBN80-7185-245-7. S. 151.
VOŠAHLÍKOVÁ, Pavla, a kol. Biografický slovník českých zemí : 8. sešit : Brun–By. Praha: Libri, 2007. 225–368 s. ISBN978-80-7277-257-5. S. 264–265.