Po vydání tolerančního patentu byly v Krabčicích ustaveny dva nekatolické sbory (pastoráty): kalvinistický (helvétského vyznání) a luterský (augsburského vyznání), který se pak v roce 1856 přestěhoval do nedalekých Libkovic. Roku 1790 byla postavena původní toleranční modlitebna, která byla roku 1885 nahrazena současným kostelem. Sbor se zdárně rozvíjel, evangelíků přibývalo, přímo z Krabčic bylo založeno několik okolních evangelických sborů (např. v Lounech, Trnovanech u Teplic či Krásném Březně u Ústí nad Labem). Farář Václav Šubert zařídil při sboru opatrovnu dětí, z níž se vyvinul pozdější známý diakonický krabčický ústav. Ještě ve 30. letech 20. století čítal zdejší evangelický sbor asi 6 500 členů. Od poloviny 20. století upadá.
