Eleonora se narodila v rakousko-uherském městě Pula, kde byl její otec námořním důstojníkem. Vzdělávána byla soukromými učiteli, kteří dávali důraz na jazyky. Učila se německy, italsky, anglicky a od roku 1895 polsky. Její otec pokračoval v kariéře v rakouském námořnictvu a Eleonora strávila formativní roky na Istrii a pak v rakouském přístavu Pula. Její otec byl velmi bohatý a rodina měla letní vilu na ostrově Lošinj v Jaderském moři, palác ve Vídni a luxusní jachtu. V roce 1895 otec zdědil po arcivévodovi Albrechtovi obrovské pozemky v Haliči. Od roku 1907 měla rodina hlavní rezidenci na zámku Żywiec v Haliči, zimu však trávili na Istrii.
Manželství
Svatba Eleonory s Alfonsem von Kloss 9. ledna 1913
V patnácti letech se Eleonora zamilovala do námořníka Alfonse von Kloss, který sloužil jako kapitán na otcově jachtě. Jejich vztah během mnoha středomořských výletních plaveb stále rostl. Arcivévoda Karel Štěpán chtěl svou nejstarší dceru provdat za polského šlechtice, ale upřímná láska a vytrvalost páru ho dojala. Kontaktoval císaře a požádal ho, aby povolil jejich sňatek. Císař František Josef I. byl v rodinných záležitostech neoblomný, arcivévoda Karel Štěpán Rakousko-Těšínský byl však jeho dobrý přítel a povolení udělil.
Skromný obřad se konal 9. ledna 1913 v polském Żywieci dva dny před svatbou její sestry Mechthildis. Arcivévodkyně Eleonora se po svatbě vzdala svých titulů a stala se paní von Klossovou. Pár se usadil na Istrii. Alfons von Kloss pracoval jako kapitán korvety v císařském námořnictvu a během první světové války sloužil s vyznamenáním. Po pádu monarchie zůstala Eleonora s manželem v Rakousku a žila s ním v Badenu u Vídně ve velké vile, kterou Eleonora zdědila po svém bezdětném strýci arcivévodovi Rainerovi. Jeden z jejích synů, Alfons, byl vojenský atašé na rakouském velvyslanectví ve Washingtonu, D.C. Její manžel zemřel v roce 1953 a Eleonora ho přežila o 21 let a zemřela v roce 1974 v 87 letech.
Potomci
Arcivévodkyně Eleonora měla s Alfonsem von Kloss (1880–1853) osm dětí:
