Zdrojnicemi Brahmaputry je několik řek, které stékají ze severních svahů Himálaje a jižních svahů hřbetuKailás. Do jednoho koryta se slévají v oblasti vesnice Ombu (nadmořská výška okolo 4 860 m). Odtud teče východním směrem v délce více než 1 100 km paralelně s Himálajem po dně dlouhého údolí šířkového směru. Přijímá mnoho přítoků, které jsou napájeny především tajícími vodami z okolních velehor. Sklon osy tohoto dlouhého údolí není velký a proto zde řeka teče převážně pokojně a je v těchto místech splavná pro místní lodní dopravu.
Střední tok
Pod ústím přítoku Džamdy na úrovni 95° východní délky řeka protíná výběžky hřbetu Tangla a Ásámského Himálaje hlubokými soutěskami. Divoký tok, vytváří mnohé peřeje a v některých místech se řítí dolů kaskádamibystřin a nevysokých vodopádů. Na tomto úseku se v délce 400 km nazývá Dihang a prudce zde klesá z tibetské náhorní plošiny do údolí východoindického Ásámu. V oblasti indické vesnice Pasighat vtéká do Ganžské roviny (východní část Indoganžské roviny) a teče podél jižního úpatí Himálaje. Představuje zde významnou vodní tepnu, která pokojně plyne po dně široké doliny v nestálém korytě.
Dolní tok
Na území Bangladéše se řeka rozděluje do ramen a kanálů. Vytváří zde velké množství ostrovů. Největším z nich je Madžuli, který je 70 km dlouhý a 15 km široký. Na úrovni 90° východní délky vytváří poslední velký zákrut. Obrací se jižním směrem a stéká se s Gangou asi 60 km na západ od Dháky. Společné koryto obou řek ústí do Bengálského zálivuestuárem.[zdroj?]Delta Gangy a Brahmaputry (Džamuny) se také nazývá Bengálská delta. Toto území má rozlohu asi 80 000 km² a má velmi složitou skladbu.
Vodnost řeky v zimě prudce klesá, poté zase roste na začátku tání sněhu na jaře prudce se zvyšuje v létě v důsledku tání sněhových polí a ledovců na horách a vydatných srážek způsobených monzunovýmidešti v Ganžské rovině a v Himálaji. Průměrný roční průtok je 12 000 m³/s. V létě při nejvyšším stavu vody přesahuje 15 000 m³/s a v zimě klesá na 4 000 m³/s. Vzestupy úrovně hladiny na dolním toku dosahují 10 až 12 m a nezřídka jsou doprovázeny povodněmi.