Celý komplex S. Francesco sestává ze samotné baziliky – Dolního chrámu (Chiesa Inferiore), Horního chrámu (Chiesa Superiore) a kláštera Sacro Convento. Před nimi je horní a dolní náměstí sv. Františka (Piazza Inferiore a Superiore).
Výstavba chrámu byla zahájena po svatořečení sv. Františka roku 1228, a dokončena o 25 let později. Na výzdobě se podíleli malíři Cimabue a Giotto di Bondone, který v lodi horního kostela vytvořil cyklus 28 fresek ze světcova života. Stavba je jednou z nejstarších gotických památek na území dnešní Itálie.[1]