Po revoluci roku 1905 došlo mezi ním a Leninem k mnoha rozporům, které roku 1909 vyvrcholily jeho vyhnáním z bolševické frakce a emigrací na Capri. Tam se spojil s Maximem Gorkým a Anatolijem Lunačarským, se kterými založil školu pro tovární dělníky.
Roku 1908 napsal knihu Rudá hvězda[3], v níž pojednává o cestách na Mars, což bylo tehdy považováno za sci-fi.
Za říjnové revoluce roku 1917 nehrál žádnou roli. Lenin mu několikrát nabídl odpuštění a návrat k bolševikům, on však pokaždé odmítl. Stal se sice editorem ve stranickém deníku Pravda, roku 1922 však odešel i z redakce, údajně pro neshody s kolegy.
Roku 1923 byl zatčen, obviněn ze spolupráce s esery, pro nedostatek důkazů však byl osvobozen.
Lékařství
V roce 1924 se začal zabývat experimenty s transfuzí krve. Chtěl dosáhnout toho, aby lidé dosáhli věčného mládí nebo přinejmenším částečného omlazení. Mezi těmi, kteří byli Bogdanovovými "pokusnými králíky", byla i Leninova sestra Marie Uljanovová nebo diplomat Leonid Krasin.[2]
Jeho lékařské pokusy se mu však nakonec staly osudnými. Zemřel 7. dubna 1928, když do sebe aplikoval krev[1][2] od studenta trpícího malárií a tuberkulózou.