Ang San Juan usa ka 5th class na lungsod sa lalawigan sa Siquijor sa Taliwalang Kabisay-an na rehiyon sa Kabisay-an sa Pilipinas. Sumala sa 2000 na senso, ang San Juan may 12,198 ka tawo sa 2,665 na bubong.
Ang San Juan may napulo'g lima (15) ka barangay.