Muller s'inicià en l'automobilisme a la Fórmula Renault i la Fórmula 3 francesa, tot i que posteriorment guanyà la Fórmula 2 britànica l'any 1992, passant a disputar la Fórmula 3000 l'any 1993.
L'any 1995 Yvan Muller guanya el Campionat Francès de Turismes, per posteriorment disputar durant uns quants anys el Campionat Britànic de Turismes.
Paral·lelament, ha guanyat en 10 ocasions el Trofeu Andros de curses automobilistiques sobre gel franceses, ha participat en quatre ocasions a les 24 Hores de Le Mans i en dues en el Ral·li Dakar.