La Universitat de Kisangani es va fundar el 1963, impulsada pel Consell protestant Congo, una coalició d'esglésies protestants que operen al Congo. El nom original de la universitat va ser la Universitat del Congo, i es va iniciar amb 50 estudiants i professors de temps complet. Els primers crítics van acusar als fundadors, un petit grup de missioners protestants nord-americans, de tractar de crear un contrapès a la influència belga i l'Església Catòlica en el nou país. La universitat va rebre fons de diversos grups protestants, però el nou govern congolès i els governs d'Alemanya Occidental i els Països Baixos també hi van contribuir.[2]
