El Torquay United nasqué el 1899 fundat per un grup d'ex escolars sota el lideratge del sergent major Edward Tomney.[1][2] Després d'alguns amistosos ingressà a l'East Devon League i es traslladà a l'estadi Recreation Ground, mentre que l'estadi Plainmoor era ocupat pel Torquay Athletic Rugby Club. El 1904 l'Athletic llogà el camp de Recreation Ground i a Plainmoor marxà el club Ellacombe FC, restant el United sense casa, pel que retornà al seu primer estadi a Teignmouth Road. Més tard compartí camp amb el Torquay Cricket Club a Cricketfield Road. El 1909 guanyà el seu primer títol a la Torquay and District League. Un any més tard es fusionà amb el rival local Ellacombe FC i adoptà el nom Torquay Town FC, traslladant-se a Plainmoor, l'actual estadi. La temporada 1911-12 guanyà la Plymouth and District League.
L'any 1921 el Town i un altre club local, el Babbacombe FC, es fusionaren adoptant novament el nom Torquay United. Aquest ingressà a la Southern League i el 1923 a la Southern League Western section, essent-ne campió l'any 1927. Després de diversos intents, aquest mateix any el club fou acceptat a la Football League Third Division. Durant aquests anys canvià el seu uniforme, de blau clar i fosc a banc i negre. L'any 1954 adoptà un nou uniforme daurat i blau, que es manté avui dia.[3][4] En finalitzar la temporada 1957-58, el club descendí a la nova Football League Division Four. Fins a la temporada 2006-07 el club combina la tercera i quarta divisió anglesa. Aquesta temporada, després de 80 anys a la Football League, descendí a la categoria Conference Premier.[5] Dues temporades més tard aconseguí retornar a la Football League Two.