Era fill dels tsars Aleix I i Maria Miloslàvskaia. El 1676, als 15 anys, va succeir el seu pare al tron perquè era el fill viu de més edat.
Estava dotat d'un intel·lecte fi i una noble disposició. Va rebre una educació excel·lent per part de Simeó Polotsky, un monjo eslau molt ben il·lustrat. Sabia polonès i, fins i tot, coneixia el llatí, però desfigurat per una paràlisi a la meitat del cos a causa d'una misteriosa malaltia (és probable que fos escorbut), va quedar invàlid.
El 28 de juliol de 1680 va contraure matrimoni amb un aristòcrata ucraïnesa, Agatha Gruszewska, i va assumir el tron. Va ser fundador de l'acadèmia de ciències al monestir Zaikonospassky, on tot allò que no estava expressament prohibit per l'Església Ortodoxa, incloses les llengües eslaves, el grec, el llatí i el polonès, van ser tractades per erudits competents.
La principal diferència entre les reformes impulsades per Teodor III i les impulsades per Pere I, va ser que mentre les reformes del primer estaven enfocades al benefici de l'església, les de Pere I estaven enfocades a l'estat.
La reforma més important que va dur a terme Fiodor III va ser l'abolició, aconsellat per Vasili Galitzine, de la "plaça prioritària" que havia paralitzat la vida administrativa, civil i militar al voltant de la ciutat de Moscou.