Cèsar volia cobrir-se les espatlles abans d'enfrontar-se als seus enemics a Hispà nia, però al no disposar de cap flota, va haver de fer avançar a la seva infanteria vers la ciutat marinera.
Tan bon punt va arribar prop de la ciutat, va començar les negociacions a la recerca d'una aliança. Cèsar, però, va fracassar en el seu objectiu, perquè mentrestant havia arribat a la ciutat, aquesta vegada per via marÃtima, Luci Domici Aenobarb, un lÃder important dels conservadors que va aconseguir obtenir el suport de Marsella.
La part terrestre del setge es va centrar especialment en l'ampli ús de mà quines de guerra, responent els ciutadans de Marsella amb diverses sortides a camp obert tractant d'alleujar la pressió sobre la ciutat. Malgrat tot, però, el setge es resoldria a la banda marÃtima, on els assetjats van realitzar els seus majors esforços.
Dues vegades els ciutadans van intentar trencar el bloqueig naval, però malgrat la seva superioritat numèrica i tècnica, no tingueren èxit en cap dels seus intents.
Els marsellesos perderen 10 naus i Dècim Brut aconseguà mantenir el bloqueig naval sobre la ciutat.
Fi del setge
"Els ciutadans de Marsella, exhausts per tota mena de mals, patint fam, derrotats dues vegades en el mar, vençuts en diverses sortides... van decidir finalment rendir-se. Uns dies abans però, Luci Domici, al saber les intencions de Marsella, va aconseguir tres vaixells, dos dels quals va donar als seus amics propers i va fugir embarcat en el tercer aprofitant-se d'una violenta tempesta. En veure'l, els vaixells que per ordre de Brut muntaven guà rdia al port, van llevar à ncores i van començar a perseguir-lo. No obstant això, el vaixell de Domici va accelerar i persistint en la fugida, a l'empara de la tempesta, va desaparèixer a l'horitzó. Els altres dos, terroritzats pels atacs de les nostres naus, van retornar al port. Marsella, seguint ordres, va treure de la fortalesa les seves armes i mà quines de guerra, va fer sortir del port i de les drassanes els seus vaixells i lliurà els diners del seu tresor públic."[3]