La secció es va crear el 1931,[1] essent refundada més tard el 1941, jugant a la Divisió d'honor de la lliga espanyola, amb diversos equips filials en diverses categories.
Degut a motius econòmics, l'1 de juny de 2011 la junta directiva del club va decidir dissoldre aquesta secció,[2] tot i que en la temporada 2010/11 la secció guanyà la quarta Lliga espanyola de beisbol del seu palmarès.[3] Aprofitant l'estructura de la secció i amb la majoria de jugadors el febrer 2012 es fundà el Club Beisbol Barcelona, entitat que recollí els drets federatius de la secció desapareguda.[4]