Originàriament Sant Miquel de la cot va ser un petit temple romànic. Així ho confirmen les escasses restes conservades a la façana de l'actual fàbrica. Es pot veure marcat el cloquer d'espadanya i també es poden veure les restes d'una porta d'època posterior a la romànica. Els moviments sísmics del segle xv ensorraren bona part de l'edifici, que va ser reconstruït i ampliat a finals del segle xviii seguint l'estil neoclàssic. Actualment és un temple d'una sola nau, amb cor que es prolonga a manera e trifori donant lloc a capelles laterals. Tots els sants de l'interior són d'escola olotina.[3]
Fins a la segona meitat del segle xvi l'església no començà a estar proveïda d'ornaments i objectes de culte.[3] L'altar major va ser realitzat el 1863.[3] Pel que fa a les llindes, a la sagristia (porta esquerra del presbiteri) hi diu: "SOM POSADA VUI DIA 4 / D jUNY 1789".[3] Segons Montsalvatje a finals de segle xix es conservava la següent llinda al costat dret: "SOM ESTAT PINTAT Y DORAT EN LO ANY 1889".[3]
Les pintures conservades a l'interior són del segle XVIII-XIX. En el presbiteri cal destacar dos quadres que representen dues escenes relatives a la vida del Sant; Sant Miquel guanyant el dimoni i Sant Miquel s'apareix a un bisbe. Ambdues foren realitzades amb colors poc estridents, suaus, malgrat que el pas del temps els ha esborrat el cromatisme inicial.[3]
La pica baptismal fa 2,7m de perímetre i 80cm d'alçada. Està situada al costat dret de la capella lateral. Sense decoració ni cap data, la seva mida fa pensar que és força antiga. Actualment encara està en ús.[3]
La primera notícia data de l'any 1009, amb motiu de la donació que va fer l'arxiprest Witard de l'església de dit lloc amb els delmes i primícies al monestir de Sant Pere de Besalú. A partir del 1029 l'abat del monestir quedà constituït senyor al·lodial del terme de la Cot en virtut de la venda realitzada pels esposos Grau i Ermessindis.[3]
A la segona meitat del segle xvi l'església començà a disposar d'ornaments i objectes de culte rics, encara que fins al segle següent els inventaris constaten com a metall preciós el llautó. Fins a principis del segle xvii només hi hagué dos altars; anys després hi descobrim un tercer dedicat a Sant Joan Baptista. Després de l'ampliació del temple, l'any 1787, foren cinc el nombre d'altars.[3]
No va patir destrosses durant la Guerra Civil.[3] Sant Miquel de la Cot, té avui dia una importància especial per a tot historiador de l'art, ja que es troba conservada intacte des d'abans del 1936.[3]
