En 1995 fitxa pel Reial Valladolid. La temporada 1996/97 entrena l'Osasuna. La temporada 1997/98 ja a les files de l'CF Extremadura, aconsegueix l'ascens a 1a divisió. Dos anys després, la temporada 2000/01 i entrenant el CD Tenerife torna a aconseguir l'ascens a 1a divisió.
Etapa en el València
Xavier Subirats, secretari tècnic llavors del València CF, va decidir després que marxés Héctor Cúper de la banqueta valencianista, apostar per Benítez com successor de la direcció tècnica de l'equip. Una curiositat és que el consell valencianista li va fer signar un paper en el qual se'l declarava màxim responsable del seu fitxatge.
Rafa Benítez va ser rebut amb dubtes de l'afició valencianista, ja que el currículum amb el qual arribava a València com a entrenador d'equips de primera era més aviat limitat. Algun conseller afí a Paco Roig, expresident del club, però que no parlava en nom de la resta del consell va dir que l'únic Benítez que coneixia era el torero.
Després d'un principi de lliga vacil·lant i una eliminació copera, semblava no acoblar-se a la seua nova banqueta: en la jornada 17 era vuitè. No obstant això, 7 jornades després, després de guanyar a l'Alabès, es va col·locar en primera posició; i en la jornada 37, en La Rosaleda (camp del Màlaga CF) va proclamar-se campió en la competició de forma matemàtica, guanyant un títol de lliga per al València que s'havia esperat durant 31 anys.
Dos anys després Rafael Benítez va ajudar al València a aconseguir 2 títols més: Lliga i Copa de la UEFA, ambdós en la temporada 2003-2004, sent amb això l'entrenador que més títols ha aconseguit en la història del club.
Benítez es trobava en el millor moment de la seua carrera, però fart que en el consell d'administració del club (presidit llavors per Jaume Ortí) no saberen o volgueren valorar el seu treball, va decidir abandonar el club al que havia aconseguit situar entre els millors d'Europa. Encara li quedava un any més de contracte, però després d'una roda de premsa en la qual no va poder contenir les seues llàgrimes va abandonar València amb destinació Liverpool, club pel qual segons part de la premsa valenciana podria ja tenir signat un contracte.
Etapa europea
Benítez en 2007.
Al juny de 2004 va fitxar pel Liverpool FC anglès, on es va guanyar ràpidament el suport de l'afició; i al maig de 2005 assoleix un enorme èxit en guanyar la Lliga de Campions. La temporada 2005/06 va guanyar la FA Cup anglesa i en la temporada 2006/07 va aconseguir de nou arribar a una final de la Lliga de Campions, curiosament contra el mateix equip al que guanyà el seu primer any, encara que aquesta vegada amb un resultat desfavorable.
El 3 de juny del 2010 el Liverpool FC anuncià el seu cessament com a tècnic.[2] Finalment, el 8 de juny es feia oficial el seu fitxatge per l'Inter de Milà,[3] on no va acabar l'any, al rescindir el seu contracte al final de desembre, després de guanyar la Supercopa d'Itàlia i el Campionat del Món.[4]
El 21 de novembre 2012, després de dos anys sense ser entrenador actiu de cap equip de futbol, és nomenat nou entrenador del Chelsea Football Club en substitució de Roberto di Matteo.
El juliol de 2013 fitxà per la SSC Napoli.[6] El tècnic signà un contracte per dos anys i un tercer opcional i amb un sou de 3,5 milions d'euros per temporada.[7]
.jpg)
