Es va incorporar a la missió UNPROFOR de les Nacions Unides enviada a les Guerres Iugoslaves com a Oficial Major d'aquest contingent a Bòsnia i Hercegovina de 1992 a 1993. En el marc de la Guerra de Bòsnia, i al març de 1993, es va desplaçar a Srebrenica per visitar i tranquil·litzar als seus habitants, refugiats a la "zona segura" que delimitava la ciutat, assetjada per l'exèrcit serbobosnià (VRS), on va pronunciar una frase que es convertiria en lapidària: "mai us abandonarem".[2] Dos anys més tard, el VRS al comandament del general Ratko Mladić va prendre la ciutat, i sense que els cascs blaus holandesos que la protegien intervinguessin, els serbobosnians van cometre el genocidi de Srebrenica, executant a uns 8.000 homes que s'hi trobaven.[3]
Després de la seva sortida de Bòsnia, Morillon va ser nomenat comandant de la Força d'Acció Ràpida, per deixar l'exèrcit en complir els 62 anys, el 1997, amb el grau de general de l'exèrcit de terra (5 estels).
El General Morillon va ser membre de la comissió d'afers exteriors, drets humans, seguretat comuna i política de defensa i membre suplent de la comissió de cooperació i desenvolupament. Va representar a l'Assemblea interparlamentària paritària de la zona Àfrica-Carib-Pacífic, a la Unió Europea i al fòrum Euromediterrani. Va presidir també la delegació del Parlament Europeu en l'Assemblea parlamentària de l'OTAN. L'agost de 2009 fou el cap dels observadors de la Unió Europea en les eleccions presidencials de l'Afganistan.[4]
A l'octubre de 2010, Morillon va realitzar una visita al memorial de la massacre a Srebrenica, però va haver d'abandonar el lloc davant les protestes d'un grup denominat "Mares de Srebrenica", que van acusar a l'ex militar de no haver impedit la massacre dels seus fills. A la seva sortida, va declarar que "Si hagués sabut (…) que tot anava a acabar d'aquesta manera, hauria evacuat tothom. Però no vaig poder fer-ho, perquè m'haurien considerat còmplice de la neteja ètnica i perquè el govern de Sarajevo no volia".[5]
.svg){kind=small}
