La seva obra més reconeguda és la seva participació en el Retaule Major de la catedral de Toledo del que va ser l'encarregat de la part arquitectònica.[3] L'obra va ser encarregada pel cardenal Cisneros el 1497, a més a més del plànol, es va encarregar de realitzar els pilars que divideixen els cinc carrers del retaule, així com els dossers que horitzontalment separen les escenes dels pisos: rebé 1.100.000 morabatins.[4] La predel·la del retaule y el tabernacle va ser contractada pel capítol catedralici a Petit Juan i Rodrigo Alemán. A més a més, Juan va realitzar un altre contracte per 160.000 morabatins per a la realització del guardapols del retaule, encara que només el va iniciar i va poder cobrar la primera partida, ja que va morir l'any 1504.[5]
De la Morena Bartolomé, Aurea; Azcárate, José María de. Castilla-La Mancha/2 La España Gótica (en castellà). Madrid: Ediciones Encuentro, 1998. ISBN 9788474905090.
Fernández Collado, Ángel. La catedral de Toledo en el Siglo XVI: vida, arte y personas (en castellà). Toledo: Universidad de Castilla La Mancha, 1999. ISBN 9788487100567.
Orduña Viguera. La Talla ornamental en madera (en castellà). Madrid: Compañía Ibero-Americana de Publicaciones, 1930.