Tot i que Zamboanga és sovint agrupada dins de la província de Zamboanga Sibugay amb finalitats estadístiques per l'Oficina Nacional d'Estadística, com a ciutat altament urbanitzada és administrativament independent de la província. Per la seva banda, la ciutat d'Isabela pertany a la província de Basilan, i és l'única part d'aquesta província que forma part de la Regió IX, mentre que la resta de la província forma part de la Regió Autònoma del Mindanao Musulmà.