Novotxerkassk va ser fundada el 1805 per Matvei Plàtov, com a centre administratiu dels Cosacs del Don, quan els habitants de la stanitsa de Txerkassk van ser obligats a abandonar les seves llars a la vora del riu Don a causa de les freqüents inundacions.[1]
Durant la Guerra Civil Russa, Novotxerkassk va ser el cor de la contrarevolució del Don i estigué sota el comandament d'Aleksei Kaledín. L'Exèrcit Roig finalment foragità els blancs de Novotxerkassk el 7 gener del 1920 Durant la Segona Guerra Mundial, Novotxerkassk va ser ocupada pels alemanys entre 24 de juliol del 1942 i el 13 de febrer del 1943. En 1962 es van produir uns disturbis locals a causa dels aliments, que van ser brutalment reprimits per l'exèrcit soviètic en el cas conegut com la massacre de Novotxerkassk.