Jugà a l'argentina al club Argentinos Juniors. Fou comprat pel RSC Anderlecht per 2 milions d'euros el 2006 per reemplaçar Vincent Kompany.[1] Guanyà la lliga belga el 2007. Guanyà la medalla d'or als Jocs Olímpics de Pequín del 2008. L'agost del 2008 fou comprat per l'Espanyol per 4,5 milions d'euros.[2]
El 14 de maig de 2014, va jugar com a titular la final de l'Europa League que el Sevilla va guanyar al Benfica a Torí.[4]
El 23 de juny de 2014, el Sevilla va fer efectiva la clàusula de compra del jugador per 2 milions i mig d'euros, i Pareja signà amb els andalusos un contracte de tres anys.[5]