Amb 11 anys començà a pensar en el presbiterat. La seva idea inicial de la vocació presbiteral li vingué perquè se sentí particularment desafiat per un pòster que penjava a la seva parròquia que li cridà l'atenció. El pòster deia: "No t'agradaria ser un capellà?". Aquest objectiu semblava inabastable en aquells moments, i somià en ser pilot aeronàutic.
El 20 de juny passà els seus exàmens finals a l'escola secundària de České Budějovice, a la Bohèmia Meridional. Durant aquells anys de persecució per part del règim comunista els estudis teològics eren impossibles, de manera que entre 1952 i 1953 treballà a la fàbrica d'automòbils a České Budějovice i entre 1953 i 1955 va fer el servei militar a Karlovy Vary.
Malgrat la situació política, després de ser llicenciat va poder estudiar per ser arxiver a la Facultat d'Arts de la Universitat Carolina de Praga, titulant-se el 1960. Treballà en diversos arxius de la Bohèmia Meridional: als Arxius Regionals de Třeboň; i entre 1960 i 1964 a České Budějovice, on serví com a director.
En aquell temps publicà una sèrie d'articles en diverses revistes científiques. El 1964 deixà el seu treball per estudiar a la Facultat de Teologia de Sants Ciril i Metodi de Litoměřice (1964–1968).
Presbiterat
El 23 de juny de 1968, enmig de la "Primavera de Praga", va ser ordenatprevere a l'edat de 36 anys, sent nomenat immediatament secretari del bisbe de České Budějovice, Josef Hlouch (1968–1971).
Les autoritats estatals, preocupades per la seva influència i la seva autoritat pastoral, l'obligaren el 1971 a abandonar České Budějovice i l'enviaren a les parròquies de Lažiště i Záblatí, aïllades a les muntanyes de la Selva de Bohèmia al districte de Prachatice. L'1 de novembre de 1972 era rector de Rožmitál pod Třemšínem, a Bohutín i Drahenice. El 1978 les autoritats estatals, en col·laboració amb els comunistes locals, revocaren la seva autorització estatal per exercir el seu ministeri presbiteral.
Miloslav Vlk va haver de viure a la clandestinitat a Praga entre octubre de 1978 i el 31 de desembre de 1988. Entre 1978 i 1976 treballà netejant finestres a Praga. A més, durant aquest període, continuà amb la seva activitat pastoral, tot i que secretament, amb petits grups de laics. Entre 1986 i 1988 va poder treballar als arxius del districte del Banc Estatal Txecoslovac a Praga.
El 21 de gener de 1989, en començar el "punt d'inflexió", se li va permetre exercir el ministeri presbiteral per un any "de prova". Va esdevenir prevere de parròquia a Žihobce i Bukovník, a la regió de Klatovy, a la Bohèmia Occidental. Subseqüentment, l'1 de setembre de 1989, començà a treballar com a capellà a la frontera amb Baviera, a Čachrov, Javorná, Železná Ruda, Běšiny i Stráž na Šumavě.
Vlk va lluitar durant tota una dècada per un nou marc legal per l'Església Catòlica a la República Txeca, que hagués inclòs resoldre uns 6.000 milions de dòlars en propietats de l'Església confiscades pel règim comunista i que mai no es retornaren. Això inclou prop de 4.000 km² de boscos que formaven la base econòmica tradicional de l'Església.[2]
Grups polítics
Vlk ha estat molt crític amb el creixement de l'extrema dreta xenòfoba a l'Europa Central, unint-se a les protestes dels jueus el 2007 quan aquests moviments planejaven una manifestació pel barri jueu de Praga en l'aniversari de la Kristallnacht.[2]
El 2006, Vlk criticà un grup de tradicionalistes Lefebvrites que van realitzar una conferència a Praga, acusant-los de simpaties vers l'antisemitisme i el neonazisme. Els organitzadors locals respongueren que Vlk mostrà «mala voluntat de condemnar a l'ostracisme social dels catòlics que apunten a les conseqüències negatives dels processos de liberalització a l'Església.»[2]