El 20 de juny de 1824 fou designat comandant general de Veracruz que era bombardejat al Fort de San Juan de Ulúa per les tropes espanyoles, l'únic lloc que encara es trobava sota el seu control a Mèxic.[5]Barragán bloquejà el fort amb dos vaixells petits. La guarnició espanyola, patia de gana i malalties. El comandant, Coppinger es rendí el 6 de novembre de 1825.[6] En reconeixement pels resultats, el 1828 el Congrés designà Barragán cap polític de l'estat de Veracruz.
El 1827 hi hagué un aixecament contra el president Guadalupe Victoria que volia de prohibir les reunions secretes dels yorkistes i forçar l'expulsió de Joel Roberts Poinsett el representatiu diplomàtic dels Estats Units.[7] El coronel José Rincón, sota el comandament de Barragán a Veracruz, denuncià els conspiradors, entre els quals, Barragán mateix. Barragán fou arrestat. Els generals Victoria i Vicente Guerrero advocaren per ell, i fou sentenciat només a un exili temporal. Visqué a l'Equador, Guatemala i els Estats Units.