Com molts altres ciclistes professionals australians de la seva generació, fou un producte del programa per ciclistes joves de l'Australian Institute of Sport, que li permeté viure i córrer a Europa quan encara era amateur. Començà com a pistard sota el tutoratge de Charlie Walsh i després es canvià al ciclisme en ruta.
Gran contrarellotgista, guanyà el campionat del món d'aquesta especialitat tres vegades seguides (2003-2005). Tot i quedar originalment segon al campionat del 2003, fou declarat campió del món després que el guanyador original, David Millar, fos desqualificat per dopatge.[3] Com que rebé la medalla d'or del 2003 el mateix dia que es disputaren els campionats de 2004, guanyà dues medalles d'or en un sol dia.[4]
Tot i la seva potència com a rodador, Rogers millorà molt a les muntanyes amb el pas dels anys. Al Tour de França de 2003 i Tour de França de 2004 fou el millor aliat del seu company d'equip Richard Virenque en el seu intent d'aconseguir el mallot de la muntanya, cosa que l'escalador francès aconseguí.
El desembre de 2013 es va anunciar que havia donat positiu en clenbuterol a la Japan Cup i que seria suspès a l'espera de més investigacions.[7][8] El 23 d'abril de 2014 la Unió Ciclista Internacional (UCI) va anunciar que seria absolt de qualsevol delicte i que podia tornar a la competició, tot acceptant que hi havia una probabilitat significativa que el clenbuterol provingués de carn contaminada consumida mentre Rogers competia a la Xina.[9]
El 25 d'abril de 2016, Michael Rogers es veia forçat a retirar-se a causa d'una aritmia cardíaca, detectada el 2001, però que s' havia agreujat amb el pas dels anys.[1][12]