En el contracte matrimonial el duc Francesc III de Mòdena atorgava una dot d'1.000.000 de lliures a la seva filla, el dia 5 de març fou presentada per la princesa Lluïsa Diana d'Orleans als reis i a la família reial. La parella no tingué descendència i visqué pràcticament separada des d'un inici i definitivament des del dia 12 de juny de l'any 1777.
L'any 1802, Maria Fortunata comunicà a l'arxiduc Ferran III de Mòdena, espòs de la princesa Maria Beatriu d'Este, i duc de Mòdena, la seva voluntat de retirar-se al convent de la Visitació de Venècia. Un any després morí en el mateix convent venecià.