Després de la mort del seu pare, es va traslladar a la cort de Guillem IV de Hesse-Kassel, on va ser molt admirada per la seva bellesa. Aquí va conèixer el seu germà, Jordi I, amb qui es casaria el 17 d'agost de 1572. Guillem va pagar les despeses del matrimoni. Magdalena era considerada una dona virtuosa i d'un profund sentit religiós. Fins i tot va escriure un llibre d'oracions per als seus fills. A més, va donar el seu suport a la Biblioteca i a la Universitat de Hessen. El matrimoni va tenir onze fills, i ella va morir en el part del darrer:
