Fou escollit President Constitucional d'Haití en les qüestionades eleccions de juny de 1988, però fou derrocat després de pocs mesos per un cop d'Estat militar perpetrat per Henri Namphy, el dictador militar neoduvalierista, antecessor en el càrrec i propi patrocinador de Manigat, i que no va tolerar que el destituís com a comandant en cap de les Forces Armades. Manigat, obligat a l'exili, tornà una dècada després al seu país.
