La kanamicina interacciona amb les subunitats 30S dels ribosomes dels procariotes. Indueix quantitats substancials d'errors de traducció i inhibeix indirectament la translocació durant la síntesi proteica.[2][3]
La kanamicina s'utilitza en la biologia molecular com a agent selectiu, habitualment per aïllar bacteris (com ara E. coli) que han adquirit gens (per exemple de plasmidis) units a gens que codifiquen resistència a la kanamicina (principalment neomicina fosfotransferasa II [NPT II/Neo]). Els bacteris que han estat transformats amb un plasmidi que conté el gen de resistència a la kanamicina se sembren en plaques d'agar amb kanamicina (50-100 μg/ml) o es cultiven en altres medis amb kanamicina (50-100 μg/ml). Només els bacteris que hagin dut a terme la transformació correctament (i que per tant tindran els gens de resistència) podran créixer en aquestes condicions.
↑Garrod, L.P., et al.: "Antibiotic and Chemotherapy", page 131. Churchill Livingstone, 1981 (anglès)
↑Pestka, S.: "The Use of Inhibitors in Studies on Protein Synthesis", Methods in Enzymology 30, pp.261-282, 1975 (anglès)
↑Misumi, M. & Tanaka, N.: "Mechanism of Inhibition of Translocation by Kanamycin and Viomycin: A Comparative Study with Fusidic Acid, Biochem.Biophys.Res.Commun. 92, pp.647-654, 1980(anglès)