Va estudiar llavors amb els Jesuïtes a Klatovy. El 1769, va començar a estudiar filosofia a la Universitat Carolina de Praga. El 1772, fou admès als jesuïtes a Brno i es preparava per a una missió cristiana a l'Índia, quan l'orde dels Jesuïtes va ser dissolt a Bohèmia el 1773. Dobrovský va anar llavors a Praga per estudiar teologia.
Va ocupar durant un temps el càrrec de tutor en la família principesca dels Nostitz. Va obtenir el càrrec de vicerector i després el de rector del seminari general a Hradisko (que forma ara part d'Olomouc), però en 1790 va perdre el seu càrrec amb l'abolició dels seminaris a la Monarquia dels Habsburg. Va tornar a la família dels Nostitz que el van acollir amb amistat. En aquesta època, escrigué algunes de les obres més importants dels seus estudis eslaus, sobre historiografia i filologia.
Els anys 1780, va participar en la vida universitària a Praga. El 1784, ajudà a establir la Societat reial txeca de les ciències. El 1818, va contribuir a la creació del Museu Nacional de Praga. El 1828, va anar a Brno per tal d'estudiar les biblioteques locals. Hi va morir tot just al principi de l'any 1829.
Obres
Història de la llengua i de la literatura txeques, 1791-1818;
Sistema complet de la llengua txeca, 1809;
Institutiones linguae slavicae dialecti veteris, 1822.
