Inicia la seua carrera al Club Atlético Peñarol. El 1989 dona el salt a Europa al fitxar pel Genoa CFCitalià. No destaca al club genovés, i a l'any següent recala al Coventry anglés.
Perdomo va ser internacional amb l'Uruguai en 27 ocasions, tot marcant dos gols. Hi va participar en les Copes Amèrica de 1987 i 1989 i al Mundial de 1990.