Es nacionalitzà salvadorenc per poder treballar al costat dels més oprimits. Des de la dècada dels vuitanta fins a la seva mort va viure a la petita comunitat de Guarjila (Chalatenango), a la que va acompanyar durant els difícils anys de la guerra. El fet d'estar a Guarjila el va salvar de morir el 16 de novembre de 1989, quan un grup de 26 militars salvadorencs -19 d'ells entrenats en l'Escola de les Amériques dels Estats Units- va entrar en l'UCA i va matar als sis jesuïtes que s'hi trobaven -Ellacuría entre ells-, a una empleada i a la filla d'aquesta. Per la seva lluita pels més oprimits i la defensa dels drets humans va sofrir posteriorment diversos intents d'assassinat.
