El 1811, va aparèixer en els treballs d'història natural, específicament en la zoologia, sent comissari de Zoologia de la Bayerische Akademie der Wissenschaften de Múnic.[2]
El 1817, va viatjar al Brasil amb Carl Friedrich Philipp von Martius, tornant el 1820 amb 6.500 espècimens de plantes, 2.700 d'insectes, 85 de mamífers, 350 d'aus, 150 d'amfibis i 116 de peixos.[1] Tot el material recollit per Spix es conserva al Museu de Múnic, (Staatliche Museum für Völkerkunde de Múnic), i al Museu d'Història Natural de Múnic.
A causa d'una malària contreta en el seu viatge expedicionari, no pot completar el seu treball, i mor el 1826.
Geschichte und Beurtheilung aller Systeme in der Zoologie nach ihrer Entwicklungsfolge von Aristoteles bis auf die gegenwärtige Zeit. 1811 - Nürnberg, Schrag'sche Buchhandlung I-XIV; 710pp.
A més de la narració en 4 volums de l'expedició, Reise in Brasilien in den Jahren 1817 bis 1820 (Munic,1823-1831), les publicacions derivades directament de les col·leccions de Spix-Martius inclouen: