Johan Mojica va debutar com a professional a l'Academia Fútbol Club; va continuar la seva carrera a la Segona Divisió de Colòmbia jugant amb el Llaneros Fútbol Club fins al 2012, on va destacar per la seva tècnica i velocitat. Al desembre del mateix any es va confirmar com a nou reforç per a l'AC Deportivo Cali per afrontar la temporada 2013.
Deportivo Cali
Al Deportivo Cali es referma com a lateral esquerre jugant 19 partits en total, 13 d'ells en lliga i 6 més en copa. Aquesta regularitat li va servir perquè el Rayo Vallecano es fixés en ell, i el fitxés per a la temporada 2013-2014 en qualitat de cedit, però reservant-se una opció de compra.
Rayo Vallecano
Mojica va debutar amb el Rayo Vallecano el 15 de setembre de 2013 davant del Màlaga. Al lloc de lateral esquerre, es va guanyar la confiança dels tècnics, i va finalitzar el 2013 jugant 12 partits amb el Rayo, 10 en lliga i 2 en copa. El 30 de juny de 2014 va finalitzar la seva cessió al conjunt madrileny i va retornar al Deportivo Cali.
Però tan sols un parell de dies després tornaria a Espanya, ja que el mateix Rayo Vallecano va fitxar-lo en propietat fins al 30 de juny de 2018, oficialitzant al seu torn la cessió del jugador colombià al Reial Valladolid, de la segona divisió espanyola, durant la temporada 2014/2015.
Real Valladolid
Mojica va jugar cedit dues temporades al Reial Valladolid de la Segona Divisió, jugant 66 partits en lliga i marcant 9 gols.[1]
Girona FC
El 31 de gener de 2017, l'últim dia de mercat d'hivern, arriba cedit al Girona FC. per sis mesos.[2] El 18 d'agost es confirma la seva cessió per a la temporada 2017-18 des del Rayo Vallecano.[3]
El 29 de juny de 2018, el club gironí executa l'opció preferencial de compra al Rayo Vallecano i incorpora al jugador colombià a les seves files amb un contracte per jugar quatre temporades més, fins al 2022.
El 15 de gener de 2021, la cessió a l'Atalanta es va rescindir,[5] i fou cedit a l'Elx CF per la resta de la temporada 2020–21.[6] El 8 d'agost va signar contracte permanent per tres anys amb el club.[7]
Vila-real
El dia 1 de setembre de 2022, Mojica va signar contracte per quatre anys amb el Vila-real CF de primera divisió per 5.5 milions d'euros.[8][9] Va debutar amb el nou club el dia 8 de setembre, en una victòria a casa per 4–3 contra el Lech Poznań, a la fase de grups de la Lliga Europa Conferència de la UEFA; Mojica va jugar els 90 minuts i va donar una assistència de gol a Samuel Chukwueze.[10]
Osasuna (cedit)
El 26 juliol 2023, el CA Osasuna va anunciar que rebia cedit Mojica del Vila-real, sense opció de compra. El club de Pamplona va pagar 100.000 euros per la cessió.[11]