Son germà gran Albert II va succeir son pare al govern de les terres de Straubing i Guillem II a les terres als comtats de Zelanda, Hainaut, Frísia i Holanda. Per Joan només quedava la carrera eclesiàstica. Tot i això, sempre va refusar els ordes majors en espera de recobrar un feu secular i casar-se.
La repressió després de la desfeta liegesa, durant la qual va executar els seus adversaris i confiscar molts béns li va valdre el malnom de "sense Mercè" (sans Pitié). Només el 1417 va reeixir al rei Segimon I de reconciliar el príncep amb el seu bisbat.
Quan son germà Guillem II va morir el 1418, Joan va abandonar Lieja i va recobrar les terres ancestrals als Països Baixos i Baviera. Amb l'ajuda de Segimon va destronar la seva cosina Jacquelina de Baviera, elegida per la noblesa holandesa. Va establir la seva cort a la Haia i va ordenar el pintor Jan van Eyck de dissenyar la seva residència.
Duc de Straubing
Mapa del ducat de Straubing i d'Holanda al temps de Joan III
A Straubing també tenia problemes durant les guerres hussites que li costaven molt. El 1421 va haver de vendre Hilgartsberg i Hofkirchen al seu vicedominus Enric Notthafft de Wernberg i el 1423 va empenyorar-li la senyoria de Wörth. El 1424, la noblesa de Straubing va queixar-se de la gestió del vicedominus i Joan va aprofitar l'oportunitat per cessar-lo. El 6 de gener de 1425 va morir a la Haia. El seu mariscal de palau, Jan van Vliet hauria enverinat les pàgines del seu llibre de precs.
