El 1566Felip II el feu secretari del seu Consell i Cambra, i delegà en ell tots els assumptes importants que requerien la seva firma.
Zurita va obtenir una sinecura a Saragossa, i renuncià als seus càrrecs anteriors el 21 de gener de 1571 per dedicar-se exclusivament a la redacció de la seva obra més important, els Anales de la Corona de Aragón, que ja portava trenta anys preparant i el primer volum dels quals va aparèixer el 1562. Morí a Saragossa el 3 de novembre de 1580, poc després d'haver aparegut el darrer dels volums dels Anales, el 22 d'abril d'aquell mateix any.
L'estreta vinculació a la corona afavorí les seves possibilitats de mobilitat i d'accés a riques biblioteques i, sobretot, a les fonts arxivístiques oficials, que utilitzà intensament i sovint de forma literal. Tot i la lògica lleialtat a la monarquia, la seva obra destaca per l'extrema i rigorosa fidelitat a les dades documentals que obtingué, fruit d'una postura metodològica, típica del seu temps, crítica amb la historiografia precedent. Una part de la seva biblioteca privada es conserva a El Escorial.
Progresos de la Historia en el reino de Aragón (Saragossa, 1580). De la mateixa temàtica.
Historia del rey don Fernando el Católico. De las empresas, y ligas de Italia (Saragossa, Domingo de Portonariis, 1580). Història del regnat de Ferran el Catòlic, que completa la informació inclosa als Anales.
Antonini Augusti itinerarium (Colònia, Schott, 1600).
Enmiendas y advertencias a las crónicas de don Pedro, don Enrique el segundo, don Juan el primero y don Enrique el tercero que escribió don Pedto López de Ayala. Editada per Diego José Dormer el 1683.
També va escriure altres comentaris crítics a treballs d'altres historiadors (com Hernando del Pulgar), genealogies, cartes a nombrosos erudits del seu temps, etc.
Jerónimo Zurita, Historia del rey Don Hernando el Catholico. De las empresas, y ligas de Italia, ed. a cura de Guillermo Redondo Veintemillas i Carmen Morte García, 3 vols., Saragossa, Institución Fernando el Católico, 1999. Facsímil a Google books PDF
Jerónimo Zurita, Índice de las gestas de los Reyes de Aragón desde comienzos del reinado al año 1410, ed. a cura de José Guillén Cabañero (trad.) i Ángel Canellas López, Saragossa, Institución Fernando el Católico, 1984.
Estudis
VII Congreso de Historia de la Corona de Aragón (1-6 octubre 1962), Barcelona, 1962.
Ángel Canellas López, Fuentes de Zurita: documentos de la alacena del cronista relativos a los años 1508-1511, Saragossa, Institución Fernando el Católico, 1969.
Ángel Canellas López, Fuentes de Zurita: documentos de la alacena del cronista relativos a los años 1302-1478, Saragossa, Institución Fernando el Católico, 1974.
Ángel Canellas López, "Como redactaba Zurita sus Anales: uso de dos cartas redactadas en Italia por Alfonso el Magnánimo", dins Sardegna, Mediterraneo e Atlantico tra Medioevo ed Età Moderna. Studi storici in memoria di Alberto Boscolo, Roma, Bulzoni, 1993, vol. 2, pp. 345-353.
Jerónimo Zurita: su época y su escuela. IV Centenario de la Universidad de Zaragoza: congreso nacional... (Zaragoza, 16-21 de mayo de 1983), Saragossa, Institución Fernando el Católico, 1986.
Peter Krendl, "Zur Zurita-Kritik: Die Auswertung der erhaltenen spanischen Gesandtenberichte aus dem Reich in der 'Historia del Rey don Hernando el Catholico'", Spanische Forschungen der Görresgesellschaft, 30 (1982), 344-358.
Diego Navarro Bonilla, "Noticias históricas en torno a la segunda edición de la primera parte de los Anales de Zurita (Juan Bautista de Negro-Simón de Portonariis, 1585)", Revista de historia Jerónimo Zurita, 74 (1999), 101-131.
Xavier de Salas Bosch, "Los Inventarios de la 'alacena de Zurita'", Boletín de la Real Academia de Buenas Letras de Barcelona, 17 (1944), 79-177.
Ferran Soldevila, "Geronimo Zurita e la sua opera", Archivio Storico Sardo, 29 (1964), 29-71.
Juan Francisco A. de Ustaroz i Diego J. Dormer, Progresos de la historia de Aragón y vida de sus cronistas, desde que se instituyó este cargo hasta su extinción. Primera parte, que comprende la biografía de Gerónimo Zurita, compuesta por --, Saragossa, Impr. del Hospicio Provincial, 1878 [ed. original 1680].
Altres treballs sobre les fonts de Zurita d'Ángel Canellas López.