Va destacar des de molt jove en River Plate, amb el qual va debutar en la primera divisió argentina amb tan sols 16 anys. És un jugador que generalment arrenca des de les bandes cap al centre. La seva actuació al River Plate va ser formidable, començant amb un gol en el partit del debut enfront del Club Atlético Gimnasia y Esgrima de Jujuy sent el jugador més jove a debutar amb un gol. Després es va coronar campió en l'Obertura 99, sent el màxim golejador amb 15 gols, i el segon més jove a aconseguir el premi, amb 18 anys i 1 dia, darrere de Maradona per 8 dies. També va obtenir el títol en el Clausura 2000. En aquesta etapa en River, va aconseguir 45 gols en 85 partits, sumat a 10 gols que aconseguí a la Copa Libertadores.
L'any 2001 va ser l'estrella de la Mundial Sub 20 organitzada per la FIFA a l'Argentina. Argentina es va proclamar campió amb un gol de Saviola a la final i a més Saviola es va convertir en el màxim golejador i va ser nomenat «el millor jugador del Mundial».
El juliol de 2006, va tornar a entrenar-se amb el Barcelona, tot i que l'entrenador Franklin Edmundo Rijkaard va dir que no hi comptava. En els partits de pretemporada 2006-07, Saviola va fer tres gols per al Barça. Al principi de la temporada, amb la lesió d'Eto'o, Rijkaard va tornar a fer-lo jugar, però després de la recuperació del camerunès va relegar-lo a la banqueta un altre cop.
El juliol de 2007, Txiki Begiristain va considerar poc necessària la continuïtat de Saviola conscient dels nombrosos jugadors amb els quals es comptava en la seva posició al FC Barcelona i el club li feu una oferta de renovació a la baixa, pel que després d'haver acabat contracte, Javier Saviola va fitxar pel Reial Madrid i va ser presentat davant unes 3.000 persones a l'Estadi Santiago Bernabeu. Al seu actual club tampoc no ha pogut triomfar. Ni primer Bernd Schuster ni després Juande Ramos han comptat amb el jugador argentí. El 26 de juny de 2009 es va fer oficial el seu traspàs al SL Benfica per 5 milions d'euros.[2]
